Modificación del método de tiocianato de guanidina para extraer ADN de semen para análisis genómico en mamíferos

Autores/as

  • Baldomero Alarcón-Zúñiga Posgrado en Producción Animal, Departamento de Zootecnia, Universidad Autónoma Chapingo, Carretera México-Texcoco km 38.5. CP 56230, Chapingo, Estado de México. México. arf@correo.chapingo.mx. Correspondencia al tercer autor
  • José Luis Zepeda-Batista Posgrado en Producción Animal, Departamento de Zootecnia, Universidad Autónoma Chapingo, Carretera México-Texcoco km 38.5. CP 56230, Chapingo, Estado de México. México. arf@correo.chapingo.mx. Correspondencia al tercer autor
  • Agustín Ruíz-Flores Posgrado en Producción Animal, Departamento de Zootecnia, Universidad Autónoma Chapingo, Carretera México-Texcoco km 38.5. CP 56230, Chapingo, Estado de México. México. arf@correo.chapingo.mx. Correspondencia al tercer autor
  • Luis Joaquín Gómez-Meza Posgrado en Producción Animal, Departamento de Zootecnia, Universidad Autónoma Chapingo, Carretera México-Texcoco km 38.5. CP 56230, Chapingo, Estado de México. México. arf@correo.chapingo.mx. Correspondencia al tercer autor
  • José Guadalupe García-Muñiz Posgrado en Producción Animal, Departamento de Zootecnia, Universidad Autónoma Chapingo, Carretera México-Texcoco km 38.5. CP 56230, Chapingo, Estado de México. México. arf@correo.chapingo.mx. Correspondencia al tercer autor
  • Rafael Núñez-Domínguez Posgrado en Producción Animal, Departamento de Zootecnia, Universidad Autónoma Chapingo, Carretera México-Texcoco km 38.5. CP 56230, Chapingo, Estado de México. México. arf@correo.chapingo.mx. Correspondencia al tercer autor
  • Rodolfo Ramírez-Valverde Posgrado en Producción Animal, Departamento de Zootecnia, Universidad Autónoma Chapingo, Carretera México-Texcoco km 38.5. CP 56230, Chapingo, Estado de México. México. arf@correo.chapingo.mx. Correspondencia al tercer autor
  • Itzel Villegas-Velázquez Universidad Autónoma Chapingo, Carretera México-Texcoco km 38.5. CP 56230, Chapingo, Estado de México. México. arf@correo.chapingo.mx. Correspondencia al tercer autor

DOI:

https://doi.org/10.22319/rmcp.v7i4.4273

Palabras clave:

ADN genómico, Extracción de ADN, Semen, Mamíferos.

Resumen

Los análisis genómicos y transcriptómicos para selección y mejoramiento genético animal requieren ADN o ARN de alta concentración y pureza, proveniente de diferentes tejidos incluyendo semen. Los métodos usualmente utilizados para extraer ADN de semen son menos efectivos en cantidad y calidad de ADN, debido a los solventes y diluyente utilizados para la conservación, características físico-químicas de los espermatozoides, y fracción no celular del eyaculado. En este estudio, se proponen modificaciones al método de tiocianato de guanidina, incluyendo un segundo lavado de la muestra con solución buffer fosfato, y dos lavados con solventes orgánicos, uno fuerte (fenol:cloroformo:alcohol isoamílico) y uno débil (cloroformo:alcohol isoamílico), para retirar la proteína y diluyente presentes en la muestra. Además, se propone una incubación por separado con ARNasa para reducir contaminación de ácidos nucleicos en la medición y elaboración de diluciones para amplificación por PCR. La precipitación agregó al isopropanol de la metodología original 3 M de acetato de sodio para retirar restos de posibles inhibidores de la PCR. Finalmente, se incluyeron centrifugaciones de alta velocidad y decantaciones para evitar la necesidad de separación mecánica del ADN y la proteína. El ADN extraído con el método propuesto no presentó degradación, y la calidad y cantidad fueron mejores (P<0.0001), encontrándose una media de 1.84±0.09 en el rango 260/280 y 156.99±7.29 ng/ꟺ para la variable de concentración. El presente método de extracción es una alternativa de bajo costo, viable para obtener ADN de semen con características necesarias para análisis genómicos en mamíferos.

 

Descargas

Los datos de descargas todavía no están disponibles.

Citas

Manuja A, Manchanda S, Kumar B, Khanna S, Sethi RK. Evaluation of different methods of DNA extraction from semen of buffalo (Bubalus bubalis) bulls. Buffalo Bull 2010;29(2):109-128.

Weyrich A. Preparation of genomic DNA from mammalian sperm. Current Protoc Mol Biol 2012;2(2.13):1-3.

Griffin J. Methods of sperm DNA extraction for genetic and epigenetic studies. Spermatogenesis. Methods Protoc 2013;927:379-384.

Van Kooij RJ, Van Oost BA. Determination of sex ratio of spermatozoa with a deoxyribonucleic acid-probe and quinacrine staining: a comparison. Fertil Steril

;58:384- 386.

Evenson D, Jost L. Sperm chromatin structure assay: DNA denaturability. Methods Cell Biol 1994;42:159-176.

Mann T. The biochemistry of semen. New York, USA: John Wiley and Sons, Inc; 1954.

Opel KL, Chung D, McCord B. A study of PCR inhibition mechanisms using real time. J Foren Sci 2009;55:25-33.

Herold FC, de Haas K, Cooper D, Colenbrander B, Nöthling JO, Theunisen W, et al. Comparison of three different media for freezing of epididymal sperm from the African buffalo (Syncerus caffer) and influence of equilibration time on the post-thaw sperm quality. Onderstepoort J Vet Res 2004;71:203-210.

Rådström P, Knutsson R, Wolffs P, Lövenklev M, Löfström C. Pre-PCR processing. Strategies to generate PCR-compatible samples. Mol Biotechnol 2004;26:133-146.

Hossain AM, Rizk B, Behzadian A, Thorneycroft JH. Modified guanidinium thiocyanate method for human sperm DNA isolation. Mol Hum Reprod 1997;3(11):953-956.

Bahnak BR, Wu QY, Coulombel L, Drouet L, Kerbiriou-Nabias D, Meyer D. A simple and efficient method for isolating high molecular weight DNA from mammalian sperm. Nucleic Acids Res 1988;16:1208-1209.

Birren B, Green ED, Klapholz S, Myers RM, Roskans J. Standard methods used for isolating DNA. In: Genome analysis: A laboratory manual. New York, USA: Cold Spring Harbor Laboratory Press; 1997:617-629.

SAS. SAS/STAT User´s Guide (Release 9.3). SAS Inst. Inc. Cary, N.C. 2014.

Sambrook J, Fritsch EF, Maniatis T. Molecular cloning: A laboratory manual. 2nd ed. New York, USA: Cold Spring Harbor Laboratory Press; 1990.

Descargas

Publicado

01.10.2016

Cómo citar

Alarcón-Zúñiga, B., Zepeda-Batista, J. L., Ruíz-Flores, A., Gómez-Meza, L. J., García-Muñiz, J. G., Núñez-Domínguez, R., … Villegas-Velázquez, I. (2016). Modificación del método de tiocianato de guanidina para extraer ADN de semen para análisis genómico en mamíferos. Revista Mexicana De Ciencias Pecuarias, 7(4), 405–413. https://doi.org/10.22319/rmcp.v7i4.4273
Metrics
Vistas/Descargas
  • Resumen
    1688
  • PDF
    2427

Número

Sección

Artículos

Métrica

Artículos similares

1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 > >> 

También puede Iniciar una búsqueda de similitud avanzada para este artículo.

Artículos más leídos del mismo autor/a

1 2 > >>