Diversidad y estructura genética de una población de cabras criollas negras de tres municipios del estado de Querétaro, México
DOI:
https://doi.org/10.22319/rmcp.v10i4.4908Palabras clave:
caracterización genética, genética de poblaciones, cabra criolla negraResumen
Desde su llegada a México, las cabras han experimentado un largo proceso de adaptación y selección, dando como resultado animales locales de elevada rusticidad. Sin embargo, la importación de razas mejoradas y el intento de sustituir a los genotipos criollos por éstas, ha llevado a gran parte de este ganado al borde de la extinción. Un ejemplo es la cabra criolla negra (CCN), reconocida por su rusticidad y la calidad de su leche. El objetivo del presente trabajo fue caracterizar genéticamente una población de CCN. Se utilizaron 30 microsatélites, obteniendo; el número de alelos por marcador (NA), el número medio de alelos (MNA), número efectivo de alelos (Ae), la heterocigosidad observada (Ho) y esperada (He), el contenido de información polimórfica (PIC), el índice de fijación calculado con el estadístico FIS y el equilibrio de Hardy Weinberg (HWE). La población fue comparada con 13 razas caprinas del proyecto BioGoat. Los resultados mostraron que existe una elevada diversidad genética en este ganado. Se obtuvieron 243 alelos con un MNA de 8.1 alelos por locus. Los marcadores resultaron muy informativos con un PIC de 0.6. La He promedio de 0.71 y Ho de 0.62 puede indicar que existe un ligero desequilibrio en la población. La distancia de Reynolds mostró que la CCN se encuentra más distanciada genéticamente de la población Anglonubia y más cercana a la Murciano-Granadina. Los resultados aquí presentados sugieren que la población CCN representa una estructura racial bien diferenciada de las poblaciones incluidas en el estudio.Descargas
Citas
Naderi S, Rezaeli HR, Taberlet P, Zundel S, Rafat S, Naghash H, et al. Large-Scale Mitochondrial DNA Analysis of the domestic goat reveals six haplogroups with high diversity. PLoS One 2007;2:1–12.
Zeder MA, Hesse B. The initial domestication of goats (Capra hircus) in the Zagros Mountains 10,000 years ago. Science 2000;287:2254–2257.
Nomura K, Yonezawa T, Mano S, Kawakami S, Shedlock AM, Hasegawa M, et al. Domestication process of the goat revealed by an analysis of the nearly complete mitochondrial protein-encoding genes. PLoS One 2013;8:1–15.
Luikart G, Gielly L, Excoffier L, Vigne J, Bouvet J, Taberlet P. Multiple maternal origins and weak phylogeographic structure in domestic goats. Proc Natl Acad Sci USA 2001;98:5927–5932.
Rodero A, Delgado JV, Rodero E. Primitive andalusian livestock and their implications in the discovery of America. Arch Zootec 1992;41:383–400.
FAO. Statistics Database. FAOSTAT. 2017 (Revisado 2017/12/15). Disponible en: www.fao.org/faostat/es/#data/QA.
Peacock C, Sherman DM. Sustainable goat production-Some global perspectives. Small Ruminant Res 2010;89:70–80.
FAO. La situación de los recursos zoogenéticos mundiales para la alimentación y la agricultura. 2010. Disponible en: http://www.fao.org/docrep/012/a1250s/ a1250s00.htm
SAGARPA. Informe sobre la Situación de los Recursos Genéticos Pecuarios en México. 2002. Disponible en: http://www.sagarpa.gob.mx/ganaderia/Publicaciones/ Paginas/InfoRGPecuariosM.aspx
Montaldo HH, Meza-Herrera CA. Genetic goat resources in Mexico: Bio- economical efficiency of local and specialized genotypes. Wool Technol Sheep Breed 1999;47:184–198.
Montaldo H, Jutiezb A, Berruecosc JM, Sinchezd F. Performance of local goats and their backcrosses with several breeds in Mexico. Small Ruminant Res 1995;16:97–105.
Montaldo H, Tapia G, Juárez A. Algunos factores genéticos y ambientales que influyen sobre la producción de leche y el intervalo entre partos en cabras. Tec Pecu Mex1981;41:32–44.
Montaldo H, Torres-Hernández G, Valencia-Posadas M. Goat breeding research in Mexico. Small Ruminant Res 2010;89:155–163.
FAO. Molecular genetic characterization of animal genetic resources. FAO Anim Prod Heal Guid. Rome; 2011.
Baumung R, Simianer H, Hoffmann I. Genetic diversity studies in farm animals - A survey. J Anim Breed Genet 2004;121:361–373.
Jamil T, Antonella A, Philippe B, Roswitha B, Albano B, Marco B, et al. Genetic diversity of Albanian goat breeds based on microsatellite markers. Arch Zootec 2011;60:607–615.
Li JY, Chen H, Lan XY, Kong XJ, Min LJ. Genetic diversity of five Chinese goat breeds assessed by microsatellite markers. Czech J Anim Sci 2008;53:315–319.
Thuy LT, Binh D Van, Binh NT, Minh LQ, Thuy TTT, Ton ND, et al. Evaluation of genetic diversity and structure of Vietnamese goat populations using multi locus microsatellite markers. Small Ruminant Res 2017;148:43–50.
Al-Atiyat RM, Alobre MM, Aljumaah RS, Alshaikh MA. Microsatellite based genetic diversity and population structure of three Saudi goat breeds. Small Ruminant Res 2015;130:90–94.
Rout PK, Joshi MB, Mandal A, Laloe D, Singh L, Thangaraj K. Microsatellite-based phylogeny of Indian domestic goats. BMC Genet 2008;9:11.
Mello A, Facioni S, Silva C, Sávio P, Teixeira M, Mendeiros T. Paternity in Brazilian goats through the use of DNA microsatellites. Rev Bras Zootec 2010;39:1011–1014.
BioGoat Consortium. Proyecto Biodiversidad Caprina Iberoamericana. Disponible en: https://biogoat.jimdo.com/
Walsh PS, Metzger DA, Higuchi R. Chelex 100 as a medium for simple extraction of DNA for PCR-based typing from forensic material. Biotechniques 2013;54:134–139.
Martínez AM, Gama LT, Delgado JV, Cañón J, Amills M, Bruno de Sousa C, et al. The Southwestern fringe of Europe as an important reservoir of caprine biodiversity. Genet Sel Evol 2015;47:86.
Nei M. Analysis of gene diversity in subdivided populations. Proc Nat Acad Sci 1973;70:3321–3323.
Botstein D, White RL, Skolnick M, Davis RW. Construction of a genetic linkage map in man using restriction fragment length polymorphisms. Am J Hum Genet 1980;32:314–331.
Park SDE. Trypanotolerance in West African cattle and the population genetic effects of selection [Ph.D. Thesis]. Dublin, Ireland: University of Dublin; 2001.
Kimura M, Crow JF. The number of alleles that can be maintained in a finite population. Genetics 1964;49:725–738.
Raymond M, Rousset F. GENEPOP (Version 1.2): Population genetics software for exact tests and Ecumenicism. J Hered 1995;86:248–249.
Nei M. F-statistics and analysis of gene diversity in subdivided populations. Ann Hum Genet 1977;41:225–233.
Belkhir K, Borsa P, Chikhi L, Raufaste N, Bonhomme F. GENETIX 4.05, logiciel sous Windows TM pour la génétique des populations. Laboratoire Génome, Populations, Interactions, CNRS UMR 5000, Université de Montpellier II, Montpellier (France). 1996.
Reynolds J, Weir BS, Cockerham CC. Estimation of the coancestry coefficient: basis for a short-term genetic distance. Genetics 1983;105:767–779.
Huson DH, Bryant D. Application of phylogenetic networks in evolutionary studies. Mol Biol Evol 2006;23:254–267.
Pritchard JK, Stephens M, Donnelly P. Inference of population structure using multilocus genotype data. Genetics 2000;155:945–959.
Rosenberg NA. DISTRUCT : a program for the graphical display of population structure. Mol Ecol 2004;4:137–138.
Evanno G, Regnaut S, Goudet J. Detecting the number of clusters of individuals using the software STRUCTURE : a simulation study. Mol Ecol 2005;14:2611–2620.
Earl DA, Bridgett M. STRUCTURE HARVESTER : a website and program for visualizing STRUCTURE output and implementing the Evanno method. Conserv Genet Resour 2012;4:359–361.
Barker JSF. A global protocol for determining genetic distances among domestic livestock breeds. 5th World Cong Genet Appl Livest Prod. Canadá; 1994:501–508.
Chacón E, Martínez A, La OM, Velázquez FJ, Pérez E, Vicente-Delgado J. Caracterización genética de la cabra Criolla Cubana mediante marcadores microsatélites. Rev Cub Cienc Agr 2010;44:221–226.
Di R, Farhad Vahidi SM, Ma YH, He XH, Zhao QJ, Han JL, et al. Microsatellite analysis revealed genetic diversity and population structure among Chinese cashmere goats. Anim Genet 2011;42:428–431.
Du X, Cao J, Han X, Hao H, Yu M, Zhang G, et al. Genetic diversity and population structure among eight Chinese indigenous goat breeds in the Yellow River valley. Small Ruminant Res 2017;148:87–92.
Vahidi SMF, Tarang AR, Naqvi AN, Falahati Anbaran M, Boettcher P, Joost S, et al. Investigation of the genetic diversity of domestic Capra hircus breeds reared within an early goat domestication area in Iran. Genet Sel Evol 2014;46:1–12.
Bosman L, van Marle-Köster E, Visser C. Genetic diversity of South African dairy goats for genetic management and improvement. Small Ruminant Res 2015;123:224–231.
Parejo JC, Padilla JA, Calero R, Martínez-Trancón M, Sansinforiano E, Rabasco A, et al. Population genetic structure and conservation management of Retinta Extremeña goats. Small Ruminant Res 2015;124:9–16.
Hale ML, Burg TM, Steeves TE. Sampling for microsatellite-based population genetic studies: 25 to 30 individuals per population is enough to accurately estimate allele frequencies. PLoS One 2012;7:1–10.
Martínez AM, Carrera MP, Acosta JM, Rodríguez-Gallardo PP, Cabello A, Camacho E, et al. Genetic characterization of the Blanca Andaluza goat based on microsatellite markers. South African J Anim Sci 2004;34:17–19.
Dixit SP, Verma NK, Aggarwal RAK, Vyas MK, Rana J, Sharma A. Genetic diversity and relationship among Indian goat breeds based on microsatellite markers. Small Ruminant Res 2012;105:38-45.
Cao J, Li X, Du X, Zhao S. Microsatellite based genetic diversity and population structure of nine indigenous Chinese domestic goats. Small Ruminant Res 2017;148:80–86.
Holsinger KE, Weir BS. Genetics in geographically structured populations: defining, estimating and interpreting Fst. Nat Rev Genet 2009;10:639-650.
Martínez AM, Acosta J, Vega-Pla JL, Delgado JV. Analysis of the genetic structure of the canary goat populations using microsatellites. Livest Sci 2006;102:140–145.
Cañón J, García D, García-Atance MA, Obexer-Ruff G, Lenstra JA, Ajmone-Marsan P, et al. Geographical partitioning of goat diversity in Europe and the Middle East. Anim Genet 2006;37:327–334.
Oliveira JD De, Luiza M, Paiva S De, Mírian T, Machado M, Miretti MM, et al. Structure and genetic relationships between Brazilian naturalized and exotic purebred goat domestic goat (Capra circus) breeds based on microsatellites. Genet Mol Biol 2007;30:356–363.
Ginja C, Gama LT, Mart A, Sevane N, Lanari MR. Genetic diversity and patterns of population structure in Creole goats from the Americas. Anim Genet 2017;1–15.
Descargas
Publicado
Cómo citar
-
Resumen1573
-
PDF669
-
PDF 249
-
Texto completo287
Número
Sección
Licencia
Los autores/as que publiquen en la Revista Mexicana de Ciencias Pecuarias aceptan las siguientes condiciones:
De acuerdo con la legislación de derechos de autor, la Revista Mexicana de Ciencias Pecuarias reconoce y respeta el derecho moral de los autores/as, así como la titularidad del derecho patrimonial, el cual será cedido a la revista para su difusión en acceso abierto.
Esta obra está bajo una Licencia Creative Commons Atribución-NoComercial-CompartirIgual 4.0 Internacional.
